Les Occidentaux débarquèrent aux Philippines dès le début du XVIe siècle, avec tout d'abord l'arrivée de Magellan en 1521 sur l'île de Samar. C'est ainsi que l"Espagne, qui envoya par la suite d'autres expéditions, prit possession des îles des Philippines, dénommées après l'héritier au trône d'Espagne, le futur Philip II. Ce dernier envoya une nouvelle expédition dirigée par Miguel Lopez de Legazpi, avec pour objectif de coloniser et de convertir le pays.
C'est ainsi que la ville de Manille fut colonisée en 1571. Les terres fertiles s'étendant autour de la ville attirèrent les Espagnols qui l'instaurèrent capitale au détriment de Cebu (sud des Philippines). Mais la cité conserva tout de même son nom original de Maynilad ("may" signifiant "il y a", et "nilad" désignant la mangrove qui se développait en abondance sur les bords de la Pasig River). Au fil du temps, ce nom fut contracté en Manila.

Durant l'ère Espagnole, Manille connut une grande période de prospérité et la ville était souvent désignée comme la "Perle de l"orient". Les premiers touristes qui visitèrent la cité au début du XIXe siècle la décrivaient encore comme une ville magnifique. Malheureusement, il ne reste aujourd'hui que peu de vestiges de cette splendeur passée et de ces quatre siècles de colonisation espagnole. Seuls les quelques restes de la ville fortifiée, le Fort Santiago et l'église San Agustin présents dans Intramuros nous rappellent cette gloire passée.
Durant tout le XIXe siècle, Manille continua d'être un grand centre de commerce, point d'entrée vers la Chine et les autres pays émergents d'Asie du Sud Est.

Les Espagnols furent finalement délogés par les Américains qui aidèrent le pays à mettre fin à la colonisation. Le drapeau philippin fut hissé pour la première fois le jour de la proclamation d'indépendance le 12 juin 1898. Cette indépendance fut pourtant de courte durée, puisque dès 1902, les Philippines passèrent sous le contrôle des Etats Unis qui utilisèrent cette colonie à des fins économiques.

Cependant, la Seconde Guerre Mondiale bouleversa terriblement tout le pays et sa capitale, qui ne recoupera jamais vraiment sa prospérité d'antan.
La ville fut en grande partie détruite et 150 000 civils trouvèrent la mort durant les combats qui opposèrent les Américains aux Japonais.

La reconstruction d'après guerre fut entreprise de manière chaotique. De nos jours, l'agglomération de Metro Manila comprend 17 villes et municipalités réunies par décret en 1976. Ce qui donne un aspect très morcelé a cet ensemble!! Le quartier des affaires de Makati côtoie d'autres villes comme Pasay City (au sud) et Navotas (au nord), ou les gens s'entassent souvent dans des bidonvilles par manque de moyens.